പിതാവിന്റെ കാലശേഷം 1963 നവംബര്‍ 24ന് തന്റെ മുപ്പത്തിനാലാമത്തെ വയസ്സില്‍ പരമ്പരാഗത ചടങ്ങുകളോടെ ഷൺമുഖസ്വാമി മഠാധിപതിയായി അവരോധിതനായി. തന്റെ ഭരണകാലത്ത് മഠത്തെ ഒരു സാംസ്‌കാരിക കേന്ദ്രമായി അദ്ദേഹം രൂപാന്തരപ്പെടുത്തി. തപോനിഷ്ഠമായ, പക്വമായ, ലാളിത്യം നിറഞ്ഞ ജീവിതശൈലിയായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റേത്. ഷൺമുഖസ്വാമിയില്‍ ദൃശ്യമായ ഈശ്വരേച്ഛ തിരിച്ചറിഞ്ഞ് ഷൺമുഖസ്വാമിയുടെ സവിധത്തിലേക്ക് ഭക്തജനങ്ങളുടെ പ്രവാഹമുണ്ടായി. ഉദ്ദിഷ്ടകാര്യസിദ്ധി ലഭിച്ചവരുടെ അനുഭവ സാക്ഷ്യത്തില്‍ തല്‍പരരായ കേരളീയര്‍ മാത്രമല്ല, ഇതര സംസ്ഥാനങ്ങളില്‍ നിന്നുള്ളവരും, വിദേശരാജ്യങ്ങളില്‍ നിന്നുള്ള ഭക്തജനങ്ങളും ഷൺമുഖസ്വാമിയെ തേടിയെത്തിക്കൊണ്ടിരുന്നു.

പ്രതിസന്ധികളില്‍പ്പെട്ടുഴറി പതറിയ മനസ്സുമായി പ്രശ്‌നപരിഹാരാര്‍ത്ഥം ഷൺമുഖസ്വാമിയുടെ സന്നിധിയിലെത്തിയവര്‍ ആത്മശാന്തിയോടെയാണ് തിരിച്ചുപോയത്. സര്‍വ്വര്‍ക്കും അനുഗ്രഹം ചൊരിയുന്ന ചൈതന്യശക്തിയായി അദ്ദേഹം മാറി. അശരണര്‍ക്ക് വേണ്ടി പ്രാര്‍ത്ഥിക്കുകയും, അവരെ നേര്‍വഴിയിലേക്ക് നയിക്കുകയും ചെയ്ത അദ്ദേഹം, അവരുടെ വഴികാട്ടിയായി. ദൈവസ്‌നേഹം ഷൺമുഖസ്വാമിയിലൂടെ ഭക്തരിലേക്കൊഴുകിയെത്തി. ഭഗവാന്‍ ചാത്തന്‍സ്വാമിയെ ജീവിതകാലമത്രയും സേവാമന്ത്രത്തിലൂടെ തന്നോടൊപ്പം വിളിപ്പുറത്ത് നിര്‍ത്തി ഉപാസിച്ച ഷൺമുഖസ്വാമി, കരിങ്കുട്ടിച്ചാത്തനേയും, കരിങ്കാളിമാതാവിനേയും ഭുവനേശ്വരി ദേവിയേയും ഉപദേവതകളായി ഉപാസിച്ചിരുന്നു .
ഷൺമുഖസ്വാമിയുടെ തന്നെ ഭാഗമായിരുന്ന ഈ സേവാമൂര്‍ത്തികള്‍ സ്വാമിയുടെ ആത്മാവുമായി ലയിച്ചുചേര്‍ന്നു ഒന്നായി ഒരപൂര്‍വ്വതേജസായി ദിവ്യചൈതന്യത്തോടെ ഷൺമുഖമഠത്തില്‍ കുടികൊള്ളുന്നു.

ഷൺമുഖസ്വാമിയുടെ സാമീപ്യം എത്തി പ്രാര്‍ത്ഥിച്ചപേക്ഷിക്കുന്നവർക്കു ചാത്തന്‍ സ്വാമിയുടേയും കരിങ്കുട്ടിച്ചാത്തനേയും ,കരിങ്കാളി മാതാവിന്റെയും ഭുവനേശ്വരി ദേവിയുടേയും അനുഗ്രഹം കൂടി ലഭിക്കുന്നു . പ്രാര്‍ത്ഥനാഫലം പെട്ടെന്നുണ്ടാകുന്നുവെന്നതാണ് ഷൺമുഖമഠത്തിലേക്ക് ഭക്തജനങ്ങളെ ആകര്‍ഷിക്കുന്നത്. ഷൺമുഖസ്വാമിയുടെ ആത്മാവുമായി ലയിച്ചിരിക്കുന്ന ഉപാസനമൂര്‍ത്തികളുടെ ദിവ്യചൈതന്യം നിലനില്‍ക്കുന്നതിനാലാണ് ഉദ്ദിഷ്ടകാര്യസിദ്ധി പെട്ടന്നുണ്ടാകുന്നതെന്ന് ജ്യോതിശാസ്ത്രപണ്ഡിതന്മാര്‍ ഗണിച്ച് പ്രവചിച്ചിരുന്നു . ഈ പ്രവചനം അക്ഷരാര്‍ത്ഥത്തില്‍ ശരിയാണെന്നു ഷൺമുഖമഠത്തിലെത്തി ഉദ്ദിഷ്ടകാര്യസിദ്ധി നേടിയ ഭക്തജനങ്ങളുടെ അനുഭവം തെളിയിക്കുന്നു.